Favreau berkahwin dengan ahli fizik Joya Tillem pada 24 November 2000. Pasangan ini mempunyai tiga anak: seorang anak lelaki, Max, dilahirkan pada 25 Julai 2001, dan dua anak perempuan Madeleine, lahir April 2003, dan Brighton Rose, lahir Ogos 2006. Tillem ialah anak saudara peguam dan pengacara Len Tillem.[2]

Favreau mengkreditkan permainan Dungeons & Dragons yang berperanan dengan memberikannya "... latar belakang yang sangat kuat dalam imaginasi, bercerita, memahami bagaimana membuat nada dan rasa keseimbangan."[3]